В церкви Иоанна Богослова, как и в других храмах Митрополичьего двора, восточная стена расписана по подобию иконостаса. Круглые клейма в прихотливых узорных обрамлениях, написанные над местным рядом икон, образуют в структуре иконостаса дополнительный чин, однако в медальонах здесь изображены праздники. В нише для иконы Христа справа от царских врат можно видеть храмозданную надпись, в которой говорится о завершении строительства и украшения церкви в 1683 году. Такие надписи, предназначенные для того, чтобы увековечить память об основании храма, обычно располагали на самых заметных местах. Здесь же, напротив, памятная надпись, закрытая местной иконой Спаса, оказывается скрытой от зрителя, тайной и недоступной для восприятия